境内水资源以地表水为主,年平均经流总量7.325亿立方米, 占总水资源的91.12%。人均占有水资源17600立方米以上,亩均占有311立方米以上。水能蕴藏量98016千瓦,为水资源共享富能区。其中,金水河年平均经流总量2.535亿立方米,水能蕴藏量43000千瓦;椒溪河年平均经流总量2.665亿立方米,水能蕴藏量42816千瓦;蒲河年平均经流总量2.125亿立方米,水能蕴藏量12200千瓦。因县境内降水时空、地域分布不均,一般6~10月经流量占全年的66.8%,大量经流为洪水渲泄,对水资源合理利用造成困难。地下水主要属基岩裂隙水或层间承压水,为极弱和弱含水层,补给为降水、灌溉水、塘库水。境内因河川切割较深,地下水大部份汇入河流,有的以山泉泄入河流。地下天然储藏量年平均为32亿立方米。
1949年12月8日,佛坪解放以来,全县修水塘建水库20余处,年可蓄水100万立方米以上,调节水资源防止大量流失。利用主要河道的自然落差,修建县、乡、村水力发电站,发挥了水能资源优势。兴建人畜饮水工程,解决了人畜饮水困难,改善了饮水卫生条件,使人民群众吃上了自来水。