伊斯兰教传入安康,与回族穆斯林迁居安康同步。元代在安康东关建修了城内清真寺。明洪武十二年(1379),赛义德从南京迁居安康,领导穆斯林教徒按教规做礼拜,赛义德为安康穆斯林的第一位阿訇。明末在安康城南堤外修建南寺;清初,安康城内又修建了北寺。到民国10年(1921),安康城关共修有清真寺7座。民国2年(1913)马万福来安康任安康城内寺教长,时间较长,他倡导“凭经行教”、“尊经革俗”,革除了不合教法的礼仪,对伊斯兰教产生了很大影响。
1949年,安康全区共有清真寺28座,阿訇55人,主要分布在安康城内、铁岭关、宁陕江口、旬阳城关、蜀河及平利、汉阴、岚皋、石泉县城。
1958~1959年,按中共陕西省委统一安排,以安康县为主在全区开展了对伊斯兰教的改革。除改革宗教制度外,基本上解决了清真寺的土地、牲畜、森林、房产等的所有制问题,清真寺的撤并留问题,贯彻宗教信仰自由政策及如何团结、争取和教育宗教人士等问题。经过改革、教育,一批阿訇和信仰伊斯兰教的群众自觉投身于社会主义建设,积极为社会服务。“文化大革命”期间,伊斯兰教停止正常的宗教活动。1975年以后,逐步解决了宗教界人士的冤、假、错案问题,在人民代表和政治协商团体中,安排了一批有影响的宗教界人士参政、议政。1979年,中共安康地委报请中共陕西省委批准,恢复了安康清真北寺的宗教活动。1982年,又恢复了紫阳、宁陕、岚皋、平利等县的清真寺的宗教活动。1983年安康城区遭受特大洪水灾害,多处清真寺受损,在重建中,政府先后拨款36.7万元,对重点清真寺及其附属建筑进行了恢复和修缮。
安康较有名的清真寺有安康城内清真寺、安康清真北寺、安康铁岭关东寺、旬阳蜀河清真寺等。