伊斯兰教传入西安的初始年代，尚无定论。据史籍统计，自唐永徽二年（公元651年）至贞元十四年（公元798年）的147年间，阿拉伯遣使到长安共达37次之多。随着两国交往的增加，大批阿拉伯商人走陆路，经西域诸国、天山南北的“丝绸之路”直达长安，并聚集在长安西市经商，其中有些商人在长安长期滞留，甚至不归。当时阿拉伯、波斯穆斯林商人聚居在“蕃坊”。《资治通鉴》载：唐贞元三年（公元787年），“胡客留长安久者，或四十余年，皆有妻子，买田宅，举质取利，安居不欲归。命检括胡客有田宅者停其给，几得四千人。”经过安史之乱浩劫的长安仍居住有如此数量的“蕃客”可见其规模之大。旅居长安的“蕃客”包括中亚的九姓胡在内，因其长期不断到长安经商，有些住久了，各以国名为姓，多聚居一村，如南康村、北康村、曹家堡、米家崖、何家村等。在唐代，“住唐”的“蕃客”可以自由地进行宗教活动，宝应元年（公元762年），唐代宗李豫曾在长安敕建清真寺，说明伊斯兰教在唐代已传入长安。
宋代，关中地区保持着东西交通的枢纽地位。当时“丝绸之路”经过长安，前往开封和东南沿海一带的穆斯林商队，因值南北对峙，交通阻塞，被滞留在长安及其附近的为数不少。此期，阿拉伯帝国的阿拔斯王朝衰落，并为蒙古部队所灭，加之十字军东征，内部割据混战和多次天灾及瘟疫，迫使阿拉伯、波斯、中亚地区的穆斯林进行了空前规模的东迁，因之，宋时迁徙到西安及其周边地区的穆斯林，人数之多超过以往任何时期。据《宋史》《昭忠录》载，宋将曹友闻在陕西沔州南大安、回回寨一带抗拒蒙古人入侵时，部下就有回回十八族，可见当时长安及其周边地区的穆斯林已有相当规模。随着宗教活动的需要，加之回族群众有依寺而居的生活习惯，西安的回民聚居区开始建造清真寺，但规模不大。
元代，西安地区的不少穆斯林上层人物在朝廷和地方官府任职，得到元朝统治者的重用，这在客观上促进了伊斯兰教在中国的传播和发展。另外当时西域的穆斯林也随蒙古军队大量涌入西安，其中许多人在西安成家立业，长期滞留，成为西安穆斯林的重要组成部分，伊斯兰教在西安得到更大发展。中统四年（1263年），大学习巷清真寺始建，初名清净寺，大德元年（1297年），又由时任陕西五路四川中书省平章政事的赛典赤乌麻儿加以扩建。元末，各族人民不堪忍受元朝统治者的残酷压迫，许多穆斯林同汉族人民一起参加抗元斗争。如在朱元璋的起义部队中，就出现了常遇春、胡大海、冯胜、沐英、冯国用、蓝玉等著名回族将领，这些人为明朝的建立立下了功劳。因之，明朝初年，朝廷对伊斯兰教采取了宽大政策，不仅重用穆斯林上层人士，而且还以朝廷的名义新建和扩建了不少清真寺，西安的化觉巷清真寺就是由当时任兵部尚书的伊斯兰教徒铁铉监修，大学习巷清真寺由“三保太监”、伊斯兰教徒郑和奉旨重建。另有永乐九年（1411年）所建的大皮院清真寺，万历三十九年（1611年）新建的小皮院清真寺等。至明末，西安穆斯林聚居区的道路系统及分坊而居的格局已初步形成。
在明代，西安继续扮演着促进中外经济文化、宗教文化交流的重要角色。永乐十年（1412年）在郑和第四次下西洋时，专程聘请精通伊斯兰教义、通晓阿拉伯语并熟悉沿途各国民俗和历史的西安大学习巷清真寺掌教阿訇哈三担任“通译国语”和外交信使的任务。哈三跟随出使船队至南洋群岛诸国（多为穆斯林国家），并抵达北非东岸的麻林、木喇哇等国（均为穆斯林国家），出色地完成了与各国进行文化、经济交流的使命。
经堂教育的兴起，也是西安穆斯林在明代为伊斯兰文化的传播和发展作出的又一重大贡献。中国经堂教育的创始人胡登州出生在咸阳（明、清时期均属西安府），经历了嘉靖、隆庆、万历三代。胡登州在朝觐麦加归国后，立志兴学，率先改革口头传授经文教义的方法，提倡经堂教育制度。其初在自己家里办学，后于清真寺内办学，由此，清真寺设学之风渐开，并很快遍及中原各地。当时西安及其周边地区被誉为“念经人的教场”，中国的穆斯林尊胡登州为“胡太师”。
清代，一方面由于穆斯林人口的急剧增加，另一方面由于18世纪初与阿拉伯国家又恢复了密切关系，西安的穆斯林聚居区不断扩张。其时，穆斯林聚居区的寺院建设也呈较快发展状态。清初广济街清真寺建成，18世纪洒金桥清真古寺建成，乾隆六十年（1795年）营里清真寺建成。同时还在西安城东南部东仓门南段东侧的回回巷建立了专为清军中穆斯林进行宗教活动的南城清真寺等。至18世纪末，西安的穆斯林聚居区已基本构成了“七寺十三坊”的格局。七寺包括：化觉巷清真寺、大学习巷清真寺、小皮院清真寺、大皮院清真寺、广济街清真寺、洒金桥清真古寺、营里清真寺，十三坊包括：宣平坊、伞巷坊、铁炉一坊、广济坊、安定坊、保宁坊、新兴坊、前所坊、铁炉坊、香米园坊、南顺坊、贡院坊、右所坊等。同治（1862～1874年）年间，西安周边有60多个穆斯林聚居或回汉杂居的村寨。民国时期，西安城内的穆斯林聚居区位于市政署旁边并临近商市，人口约有1.7万多人。
在伊斯兰教派方面，西安地区的穆斯林均自称属于逊尼派的哈乃斐学派，但其由于对宗教制度及仪式理解的不同，又分为以化觉巷清真寺为代表的格底目（又称老教）和以大学习巷清真寺为代表的伊赫瓦尼（又称新教，主张遵经革俗，凭经立教）两派。民国23年（1934年）以后，又从伊赫瓦尼派中分裂出赛莱菲耶派（又称白派、三抬派），以红埠街清真寺为代表。
清代乾隆（1736～1795年）中期以后，朝廷对伊斯兰教及信教群众采取限制和镇压的政策。同治（1862～1874年）年间，清廷以剿灭“回乱”为借口，镇压陕西及西安回民起义，摧毁西安地区64座清真寺中的50多座。起义失败后，除白彦虎率领数千人撤至俄罗斯境内形成今中亚地区的东干族外，西安及其周边地区的穆斯林十不存一。
辛亥革命以后，经历了数十年的发展变化，西安地区的穆斯林人数已达到5.4万人，清真寺也达到了20座，其中除建成于清代以前的8座清真寺外，还包括：民国元年（1912年）建成的小学习巷清真寺；民国25年（1936年）建成的洒金桥清真西寺；建成于20世纪40年代的东新街清真寺、建国巷清真寺以及后来陆续建成的红埠街清真寺、东关清真寺、道北清真寺、纺织城清真寺和临潼、长安等地的清真寺等。
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