石泉河流属长江流域汉江水系。境内大小河流共329条。其中,流域面积0.5~100平方公里以上的234条。注入汉江一级支流22条,较大的有北岸的子午河、饶峰河、池河,南岸的中坝河、富水河5条。河流蜿蜒曲折,穿山绕岭,一束一放,形成很多坝子。如两河、饶峰、丝银坝、黄荆坝、上坝、长安坝、池河坝、中坝、后柳及熨斗坝等。坝子地形平坦,农田人口集中,市贾繁荣。
汉江:由县西部左溪河口入境,向东至马岭折向南流,于藕溪沟出境,境内流长58.5公里。县内诸河均注入汉江,为石泉最大的过境河流。
饶峰河:发源于境内毛家河。含菩提、咎家河诸水,于古堰滩汇大坝河,又于城西汇珍珠河,至关头山麓注入汉江。流域面积400.19平方公里,流长23.68公里。
大坝河:发源于云雾山之西,流长15公里。接纳龙洞沟、纸坊沟诸水,经银杏坝,穿铜钱峡,于古堰滩汇入饶峰河。流域面积78.69平方公里,流长28.62公里。
珍珠河:发源于云雾山南马蝗岭。南流至县城西关头山下,汇饶峰河注入汉江。流域面积92.28平方公里。流长26.02公里。
池河:古直水。发源于宁陕县腰竹岭。经镇安县入迎丰沟,为上池河;又南流至大坝为中池河;又东南流至池河镇为前池河,最后从东往西流至莲花石注入汉江。池河为石泉境内汉江的最大支流。流长113.90公里,流域面积1033平方公里。
中坝河:源出木竹山。经中坝至后柳(油坊坝)注入汉江。全河流长22.01公里,流域面积84.86平方公里。
富水河:发源于西乡县。为石泉南部最大过境河。水急而险,水力资源丰富。由下高川入境,经熨斗坝入汉阴境。县内流长11.59公里,流域面积73.89平方公里。
子午河:为石泉西北部之大河,可行舟。其源有二,即汶水河和堰坪河。汶水河,发源于宁陕县上两河,由佛坪县大河坝处入境,于两河大桥与堰坪河合流,境内流长17.41公里,流域面积81.53平方公里。汶水、堰坪2河于石泉两河交汇,下游皆称子午河,于两河乡的野人沟出境。全河流长160.7公里,流域面积2854.64平方公里。境内流域面积32.64平方公里。