传说古时阴康氏治华原，教民舞蹈，防阴湿，利关节，已对卫生强身引起注意。但在长期封建制度下，生产和文化落后，人民生活困苦，医药事业发展缓慢，劳动人民多靠草药和土法治病。民国时，县上虽有卫生院和一些私人诊所，但因设备简陋，药品奇缺，价格昂贵，民间仍然缺医少药。如遇疫病流行，更是束手无策，迷信、巫医乘隙而入。
解放后政府十分重视医药卫生事业，及时成立爱国卫生运动委员会和各级医疗机构，加强卫生保建工作。到1989年，全县已有医疗卫生网点349个，医疗技术人员1145人。门诊和住院病人治愈率不断提高，疫情基本得到控制，全县人口死亡率，已由1949年的7.34‰降至5.3‰。儿童计划免疫投保率85%，长寿水平5.93%。
事业机构
耀县医院 民国三十二年(1943)，本县始设卫生所。翌年，改组为卫生院，有内科、外科及药房三个科室。由于设备简陋，药械短缺，门诊病人寥寥无几。三十七年(1948)后，员工因生活得不到保证，纷纷要求辞职，卫生院名存实亡。
1949年4月县人民政府接管卫生院后，陆续扩大编制，增添设备，不断提高卫生医疗水平。1961年更名为耀县人民医院。1969年迁入南街新址。1989年，又建骨伤分院。耀县医院共有建筑面积5881平方米，职工135人（其中医疗专业人员89人），病床116张，设备基本齐全。除住院病人外，每日约接待门诊患者200多人。能及时抢救处理重危病人和较复杂病例。
孙思邈中医院 1979年6月，耀县中医医院在城关镇地段医院的基础上改组成立。1987年，迁入塔坡新建院址，命名为耀县孙思邈中医医院。总建筑面积2511平方米，有病床60张，专业人员72人。医院突出中医内、儿及针灸、按摩、痔瘘等特色的科室，并配有一些现代化检查治疗设备。自1987年起，每年药王山庙会期间，西安、咸阳等地名老中医在此义诊、讲学。
耀县卫生防疫站 1970年9月建站，现有职工34人，是全县防疫灭病、食品卫生监督检验中心。
耀县地方病防治所 1980年由卫生防疫站分出，负责地方病调查、监测、研究及防治工作，现有职工7人。
耀县妇幼保健院 原名耀县保健站，1956年成立。1962年机构撤销，业务并入县医院。1976年重新恢复。1987年迁入民主路新址，改称今名，主要负责全县乡村妇幼保健业务指导。院内设妇幼保健及妇、产、儿科，并开展计划生育技术指导及妇婴健康咨询服务。现有工作人员25人，配有病床、产床、儿童病床和一些现代化医疗保健器械。
耀县药品检验所 1984年3月成立，有专业药检人员4名。设备初具规模，有旋光仪、721——分光光度计、紫外线分析仪，多用显微镜，PH酸度计、干烤箱、电冰箱、崩解仪等。
乡镇院所 1953～1957年，先后成立柳林、瑶曲、照金、小丘4个区乡卫生所。公社化后，改名公社卫生院。1971年，全县16个公社均有卫生院。1972年，又将城关、柳林、小丘、照金、楼村、石柱、稠桑7个，公社卫生院转为全民所有制地段医院。到1989年，全县地段医院有小丘、石柱、照金、柳林、楼村、稠桑6个。乡镇卫生院有下高埝、孙原、寺沟、阿子、董家河、瑶曲、演池、安里、庙湾、白瓜等10个。原城关地段医院改名耀县中医院。全县乡镇医护人员共有172人。
村保健站 始于合作化时的大队保健室，六十年代末改称合作医疗站。医疗站的医生，大多由懂医术的社员担任，称为“赤脚医生”。1978年，全县共有“赤脚医生”200多人。1984年，医疗站改称保健站。至1989年，全县村级保健站及个体诊所已达314个，从业人员417人。另有农村接生员131人。
耀县卫生学校 1975年附设于柳林地段医院。1984年迁寺沟乡杨家庄新址。现有教职工29人，累计培训护士、医士483人。
职工医院 陕西省耀县水泥厂、西北耐火材料厂及航天工业部“六二三”研究所各有职工医院一所，设备基本齐全，医护人员共160人。
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