本县伊斯兰教随回民迁入而传入。始于清康熙年间,直至清末,陆续有回民迁入并在聚居地建立清真寺。
1953年,本县有回民1434人,多居住在城关、洞河、汝河、中坝、红岩、蒿坪、瓦房店等地,故清真寺亦都建在上述地区。到1957年,本县有清真寺6个:城关镇2个,瓦房店、洞河、汝河、蒿坪河各1个。其中以汝河清真寺历史最长,在100年以上。6个清真寺原有土地45亩,房屋18间,在寺阿訇3人,满拉1人,社头43人。
本县伊斯兰教分新、老两支,并互相不容。
1959年,本县按照统一部署,主要在伊斯兰教中进行宗教改革,通过座谈研究回族如何发展进步的问题,提出了许多改革意见。如汝河镇回民提出坚决废除以下10项宗教制度和礼仪:
(一)强迫包办信教制度。(二)歧视压迫妇女,破坏婚姻自由制度。 (三)敲诈勒索群众财物制度。(四)利用宗教迷信,施药治病,危害人身健康。(五)非宗教信仰并损害群众利益的制度。(六)利用宗教特权侵犯人身自由制度。(七)封建寺院。(八)封斋月份的尔德节制度及七天一个“主谋”。(九)宰性制度。(十)丧葬仪式交钱制度。
同时保留了4项宗教礼俗:
(一)人死后用布包;(二)板盖、土葬;(三)洗埋提(取缔剥削);(四)迫悼亡人过“亡日”、“百日”周年等。提出了保障宗教信仰自由的三原则:(一)通婚按《婚姻法》办任何人不加干涉。(二)饲养牲畜和食肉种类不得强迫。(三)信仰方面信与不信采取自愿。
但是,宗教改革中对有些礼仪或制度的废除违背了信教自由原则,几个清真寺财产也全都归政府管理,分别移作他用,回民很有意见。再加之少数干部对党的政府贯彻不全面,致使一些回民对宗教改革产生了戒备心理甚至抵触情绪。
1961年,政府开始纠正宗教改革的一些偏差,全面贯彻宗教信仰自由的政策。 1962年,洞河、汝河两个清真寺得以恢复,除土地外的教产也相继退还,民族关系趋于正常。“文化大革命”中,各地清真寺被迫停止活动,汝河清真寺被拆毁,在当地回民中产生了不良影响。
1983年以后,县政府和中共紫阳县委统战部,根据中共中央指示,陆续清查了“文革”以来的教产,凡属人为损失的,基本得到补偿或退还。回民的重要传流节日期间,国家机关为回民职工、干部放假,并给回民增供节日食品。