伊斯兰教约在明末清初传入本县,时城内有大量回民居住,伊斯兰教也随之带到三原。清同治四年(1865)因清廷的民族歧视政策,导致回民起义。起义历时8年被清廷以武力镇压而失败。居住在本县的回民被迫退至甘肃、青海一带。至民国24年(1935),本县才又有回民定居。1937年抗日战争开始,从河南省、西安市又迁来部分回民居住城内,伊斯兰教亦随之恢复。1946年,谢锡芳、马金琪、马汝玲、李玉明筹资,在城内河道巷建清真寺1所,设礼拜殿3间,讲堂两间。“文化大革命”时,该寺被私人侵占,年久失修,濒于倒塌。1982年政府先后拨款5000元,维修建成清真寺和回民殡仪处。
1982年,清真寺管理委员会委员买子奇、洪庆林等人筹捐资金2000元,对清真寺进行又一次增修,1983年完成。修整后的清真寺具有典型的伊斯兰教特色,布局合理,美观大方,各地穆斯林来此礼拜,均感满意。清真寺除了有设备较完整的殡仪设施,还在县东郊和北原购置回民坟地数亩。
伊斯兰教的“阿訇”,由全体教民推选。1948年由安杰三代理阿訇。建国后,1962年由青海省循化县人韩泽民(撒拉族)担任,1953年由河南民权县“逊乃提”教派人盖穆撒担任。1954年由河南禹县“逊乃提”教派人赵中华担任,1955年11月由毕业于兰州民族学院的买子奇担任,1956年7月由河南民权县“逊乃提”教派刘复礼担任,1957年8月起复由买子奇担任。
至1990年底,本县有回民243人,维吾尔族1人,皆为穆斯林(教民)。伊斯兰教民在政治上同其他民族享有同等的权利,其中有省六届人大代表1人,市政协委员、人大代表各1人,县人大代表1人,县政协委员2人,省青联委员和市青联委员各1人。