北周置商州,1913年改县。据《太平寰宇记》:“取古商于之地为名。”1987年设市。
2001年8月31日,国务院批准(国函[2001]94号):撤销商洛地区和县级商州市,设立地级商洛市。商洛市设立商州区,以原县级商州市的行政区域为商州区的行政区域。区人民政府驻南大街。
?年,辖:城关镇、夜村镇、金陵寺镇、大荆镇、黑龙口镇、杨斜镇、北宽坪乡、碾子凹乡、广东坪乡、韩子坪乡、大河面乡、黑山乡、上官坊乡、阎村乡、药王坪乡、砚池河乡、松树嘴乡、两岔口乡、孝义乡、张墹乡、两水寺乡、白杨店乡、会峪乡、铁炉子乡、牧护关乡、火神庙乡、引龙寺乡、三岔河乡、韩峪川乡、肖塬乡、红门河乡、麻街乡、三十里铺乡、土门庵乡、管家坪乡、仁治乡、陈塬乡、刘湾乡、杨峪河乡、砚川乡、腰市乡、马角山乡、李庙乡、西荆乡、东峪乡、沙河子乡、张村乡、梁铺乡、三贤乡、西墹乡、看山寺乡、板桥乡、水道河乡、龙王庙乡、郭村乡、蒲峪乡、麻池河乡、林岔河乡、东岳庙乡、牛槽乡。
2000年,商州区辖4个街道、13个镇、17个乡。 根据第五次人口普查数据:全区总人口530883人,其中:城关街道 79055人、大赵峪街道 18096人、陈塬街道 14421人、刘湾街道 17688人、孝义镇 14376人、夜村镇 16699人、白杨店镇 19170人、张村镇 16296人、沙河子镇 16495人、扬斜镇 11626人、麻街镇 16826人、黑龙口镇 20157人、牧护关镇 9789人、大荆镇 27994人、腰市镇 17056人、板桥镇 14332人、北宽坪镇 10675人、西涧乡 10244人、三十里铺乡 5778人、上官坊乡 7007人、砚池河乡 3741人、松树嘴乡 6714人、麻池河乡 11838人、牛槽乡 6377人、东岳庙乡 4621人、阎村乡 6321人、三岔河乡 13836人、红门河乡 8933人、西荆乡 13024人、李庙乡 11916人、马角山乡 3902人、蒲峪乡 5714人、龙王庙乡 6693人、大河面乡 4447人。