佛教
据旧志记载,佛教传入耀县较早,晋有妙德禅院(后改山寿寺,今耀县中学东半部),苻秦有香山寺,北魏有龙华寺(明建文正书院于此,故址在今塔坡)、延昌寺(故址在今赵家坡村)、百寺(故址在今柏树原村),北周有崇庆寺(故址在今文家堡村),隋有神德寺(故址在今照金寺坪村),唐有宝云寺(故址在今药王山齐天台),宋有明觉殿(故址在今耀县中学南),金有广严院(故址在今生寅村),元有开福寺(今为石柱中学),明有开化寺(故址在今朱村)、兴隆寺(今为孝义中学)、华严寺(故址在今白草坡村),清有普济寺(今为稠桑小学)等。其中香山寺经过历代修建,规模不断扩大,到清代已成为全国著名佛教丛林之一。
北朝以至隋唐,是佛教在耀县的鼎盛时期,现存药王山百余通造像碑和摩崖造像,大多即为佛家弟子所造佛像。北魏正光四年(523)“三县邑子造像碑”造像人多达250人之多,声势可见一斑。
民国时期,寺庙多被学校或单位占用,僧众大多蓄发还俗,但在家烧香念佛的居士仍然不少。解放初,全县有僧尼活动的寺院仅存4处,以香山最为集中。1956年最多有僧众29人,此后,在极左路线影响下,经过几次改造,又遭“文革”浩劫,僧尼被迫还俗,寺庙、佛像及经典、文物遭到严重破坏,民间信佛居士几近绝迹。八十年代以后,党的宗教政策重新落实,到1989年香山寺共有持戒僧尼16人,全县在家居士百余人。佛教管理机构,明清时有僧正司,民国有佛教会。解放后宗教统归县委统战部管理,八十年代成立耀县佛教管理委员会,受统战部、民政局双重领导。
道教
道教在耀县的活动,由北魏以至民国,经久不绝。其活动中心在药王山,是关中有名的“洞天福地”,宫观祠殿遍布诸峰,最多时达30余处。
明清置道正司,设道正一人管理道教,清中叶以后,道教日见衰落,除药王山外,它处道观已无常住道士。民国时药王山最后一位道士为张信鸿。此人已在1966年“文革”中自杀身亡。本县道教也宣告结束。但老百姓上庙烧香,上供布施,求神保佑的活动历久不衰。
伊斯兰教
伊斯兰教为本县回族人民所信奉,清初即在寺沟村建有清真寺。抗日战争时期外籍回民近百人,迁居本县车站附近,为礼拜方便,于民国三十六年(1947),在漆河东岸建清真寺。全县现有回民近600人,均为伊斯兰教教徒。
伊斯兰教主持人称“阿訇”,现任阿訇芦新民,以下有“毛拉”、“伊玛目”等教职人员。