伊斯兰教何时传入凤县无考。凤州清真寺创于明代，清康熙二年(1663)重修。南星、双石铺、唐藏清真寺均建于清代。
    民国27年(1938)，中国回教救国协会陕西分会凤县支会成立。由全县穆斯林大会选举马捷臣、马保亨、丁焕文、马延林、马俊周为理事，马捷臣为理事长。会址设凤州清真寺。
    凤州西门外拱堡上，建有清福寺。据传，为凤县首任伊斯兰教阿訇而利巴巴墓地。
    民国时期，本县回教中有伊玛姆3人，阿訇12人。伊玛姆中以马维菊父子最有名，被尊称为老伊玛姆和少伊玛姆。建国后有阿訇10名，以马万保、马世清最有影响。
    凤州西街是回民聚居区。建筑在凤州山城上的清真寺，是本县规模最大的清真寺。寺内管理人员称乡老社头，负责管理寺内经济、文化、修建、阿訇聘退和满拉（念经学员）的供养事务。还雇用寺司夫（勤杂人员）1～2名，料理阿訇起居，打扫卫生和祭日敲梆。凤州清真寺在“文化大革命”中拆除。
    伊斯兰教每年在菜麦丹月（回历九月）闭斋一个月，每天凌晨至日落禁绝饮食。回历十月一日为开斋节（又称尔德节）。回民此日先行沐浴（称换水），然后到清真寺礼拜，再后进行美餐，以庆祝斋月结束。是日富有的回民还要向孤寡老人施舍钱粮，称送乜的。汉民有乞讨者亦慷慨施给。开斋节后70天，为古尔邦节，即宰牲节。
    “文化大革命”中，凤县伊斯兰教曾遭破坏，宗教活动一度中断。
    中共十一届三中全会后，伊斯兰教恢复正常活动。由国家资助，在凤州、双石铺、南星、唐藏重建清真寺，聘任阿訇，又委派回民青年去宝鸡、西安、兰州伊斯兰学校学习。由于凤州乡回民最多，乡人民政府还专设回民副乡长，凤州小学也改名为凤州民族小学。
    本县伊斯兰教分阁的木（老教）和哲海耶（新教）两派。凤州、唐藏一带尊奉阁的木，双石铺一带尊奉哲海耶。

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