1954年9月15日至28日,第一届全国人民代表大会第一次会议在北京召开。毛泽东主席出席并主持了会议,周恩来作了政府工作报告。这次会议上马文瑞同志被国务院任命为劳动部长、党组书记。12月下旬,马文瑞出席了中国人政治协商会议第二届全国委员第一次会议。在第一天的会议的会议结束时,毛泽东看见了马文瑞,很高兴地招呼说:“马文瑞同志,你来了!”马文瑞闻声迎上去,紧紧握住毛泽东早已伸出的大手。毛泽东环顾左右,向大家介绍说:“这位是马文瑞同志,是我们中央政府里少有的年轻部长!”随后,毛泽东又注视马文瑞,关切地问:“文瑞同志,你上任了吗?”马文瑞答道:“开完政协会就去上班。”毛泽东风趣地说:“从今以后,中国的无产阶级都归你管。”话音刚落,周围的同志都笑了起来。在笑声中,马文瑞感到很受鼓舞,也深深感到自己肩上担子分量挺重。
全国政协会议闭幕的当天,周恩来同马文瑞进行了一次简短的谈话。临别时,周总理紧紧握住他的手,语重心长地说:“你过去管干部,今后管无产阶级,二千多万啊,这是大事情!”马文瑞看着总理充满希望的目光,并没有说什么,却郑重地点了点头。
1954年12月28日,马文瑞正式到劳动部就职。他上任的第一天,劳动部在刘亚雄副部长的主持下,在“临时食堂”召开了机关工作人员大会,热烈欢迎马文瑞的到来。马文瑞面对一张张笑脸,心情并不轻松。他稍作思索,只讲了三句话:“我衷心感谢组织和同志们对我的信任;我们面临的工作任务是光荣而又繁重的,务必付出更大的努力才能完成;我们新的领导班子有决心有信心,一定同大家一道把工作搞好!”
马文瑞同志说到做到,不放空炮。为了尽快熟悉并掌握劳动部的工作,他除了认真学习毛泽东、刘少奇、周恩来等中央领导同志的有关论述和指示,研究劳动部历年来的工作报告和颁发的各类法规政策,更多的是召开各种形式的座谈会,广泛听取其他部领导以及局处长和职工群众的意见,了解劳动工作的现状和改进设想;请本部的苏联专家介绍苏联的先进经验和做法,听取他们的意见和建议;他亲自深入各地区、各部门以及一些具有代现性的企业、事业单位,听取大家对劳动工作的反映和要求。他甚至利用上下班的时间,在车上看报表、背数字,对征求来的各种意见进行分析、对比、分类归纳,思考下一步的工作,很快便掌握了劳动系统的基本情况。然而,给他总的印象,却是方方面面存在的问题很多,大量艰巨繁重的工作亟待他去做。所以,人称他是“繁忙的劳动部长”。
马文瑞一心扑在劳动工作上,一干就是12年。他为新中国劳动用工和调配制度、工资福利制度、劳动保护制度、职业技术培训体系及劳动科学研究体系制度的建立作出了具有开创性意义的历史贡献。他针对“大跃进”给劳动用工和劳动保护工作造成的灾难,提出并实行了一套行之有效的整改措施。特别是在三年困难时期,他坚决执行中央“统筹兼顾,适当安排”的方针,夜以继日地工作,为国家度过难关,实现国民经济形势作出重要贡献,成为中国劳动保障第一人。
马文瑞同志在任劳动部长、党组书记期间为政清廉,处处率先垂范,严格要求家人和亲属,不搞特殊化。有一次,马文瑞一位大连工作的侄子,因妻子在宁夏工作,利用出差进京的机会找到马文瑞请他帮助解决夫妻两地分居问题,希望一起调到北京。马文瑞摇摇头,耐心向他说明了支援重点建设地区的重大意义,并劝他也去大西北工作。结果,侄子高高兴兴地调到宁夏工作。
在1956年工资改革时,马文瑞家里也出现了一个小“插曲”。原来,马文瑞的夫人孙铭也在劳动部工作,根据她的资历,完全可以定为13级;但马文瑞却劝她发扬风格,就低不就高,结果被定为14级。虽然只一级之差,但按当时规定,13级以上才算“高级干部”。这次工资改革,马文瑞给许多人提了级,唯独没给她增加一分钱。有一天,马文瑞与家人一起吃饭,彼此谈及工资改革的事,孙铭一脸严肃地说:“论资历,我是三六式的老干部;论学历,我是一点也不比别人低。这些年来,我也是勤勤恳恳,努力工作。我不明白,为什么跟了你,我得老吃亏!”马文瑞闻之一怔,正琢磨如何回答才好,却见孙铭转过脸去偷偷地笑,他也便随之笑了起来。